1962 yılında Ankara'da doğdu. 1985'de Ankara Üniversitesi İlahiyat Fakültesini bitirdi. 1986 yılında Van'da Anadolu lisesinde öğretmen olarak göreve başladı. Daha sonra bu görevinden ayrılarak 1993 yılında Yüzüncü Yıl Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Felsefe ve Din Bilimleri Bölümü'ne Dinler Tarihi araştırma görevlisi olarak katıldı. Aynı üniversitenin Sosyal Bilimler Enstitüsü'nde yaptığı Mitsel Bilgi ve Öğretimi başlıklı teziyle yüksek lisansını (1995), Selçuk Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü'nde yaptığı Gelenekselci Yaklaşımlar ve Dinsel Gerçekliğin Doğası başlıklı teziyle de doktorasını (2002) verdi. 2008 yılında Doçent oldu. 2014 yılında Yüzüncü Yıl Üniversitesi İlahiyat Fakültesi Dinler Tarihi Anabilim Dalı'nda Profesörlük kadrosuna atanan Hüseyin Yılmaz evli ve üç çocuk babasıdır. 2010 yılında Din İşleri Yüksek Kurulunda görevlendirilmiştir. Halen Diyanet İşleri Başkanlığı Dış İlişkiler Genel Müdürlüğünde Dinler ve Kültürler Arası İlişkiler Daire Başkanlığını yürütmekte olup, 28.08.2015 tarihinde Din İşleri Yüksek Kurulu Üyeliğine seçildi.
